الآداب المستحبة في المساجد كثيرة ، ومنها :الإبتداء بالصلاة على النبي (ص) وآله عند الدخول ، والصلاة عليهم عند الخروج ، ففي الخبر الصحيح عن الإمام الصادق عليه الصلاة والسلام قال: (( إذا دخلت المسجد فصل على النبي (ص) ، وإذا خرجت فافعل ذلك)). وسائل الشيعة ج3 ص 517 ح 6458.
الدعاء عند الدخول والخروج ، فقد وروي : إذا دخلت المسجد فقل :
بسم الله وبالله ، والسلام على رسول الله (ص) إن الله وملائكته يصلون على محمد وآل محمد ، والسلام عليهم ورحمة الله وبركاته ، رب إغفر لي ذنوبي ، وإفتح لي أبواب فضلك.
وإذا خرجت فقل مثل ذلك. وسائل الشيعة ج3 ص 516 ح 6454.
ورى شيخ الطائفة الطوسي في أماليه بسنده عن عبدالله بن الحسن ، عن أمه فاطمة ، عن جدته فاطمة عليها الصلاة والسلام قالت :
كان رسول الله (ص) إذا دخل المسجد صلى على النبي وقال :
اللهم إغفر لي ذنوبي وإفتح لي أبواب رحمتك .
فإذا خرج من الباب صلى على النبي (ص) وقال :
اللهم إغفر لي ذنوبي وإفتح لي أبواب فضلك.
تقديم الرجل اليمنى عند الدخول ، واليسرى عند الخروج ، فقد روى يونس بن عبد الرحمن عنهم عليهم الصلاة والسلام : (( الفضل في دخول المسجد أن تبدأ برجلك اليمنى إذا دخلت ، وباليسرى إذا خرجت )). وسائل الشيعة ج3 باب 40 من أبواب أحكام المساجد ص 517 ح 6459.
تحية المسجد ، وهي عبارة عن أن يصلي ركعتين مثل صلاة الصبح عندما يدخل المسجد ، فقد روى الشيخ الصدوق (رض) بسنده عن أبي ذر الغفاري (رض) قال: ((دخلت على رسول الله (ص) وهو في المسجد جالس فقال لي: يا أباذر ، إن للمسجد تحية. قلت : وماتحيته ؟ قال :ركعتان تركعهما..)). وسائل الشيعة ج3 ص 518 ح6462.
الدخول على طهارة ، فقد روي عن الإمام الباقر (ع) أنه قال :
(( إذا دخلت المسجد وأنت تريد أن تجلس فلا تدخله إلا طاهراً ، وإذا دخلته فإستقبل القبلة، ثم إدع الله ، وسلهُ ، وسمِّ حين تدخله ، وإحمد الله وصل على النبي (ص))). وسائل الشيعة ج3 ص 516 ح6454.
كنس وتنظيف المسجد ، لاسيما ليلة الجمعة ، فقد روي عن الإمام الكاظم (ع) أنه قال : (( قال رسول الله (ص) : من كنس المسجد يوم الخميس ليلة الجمعة فأخرج منه من التراب مايُذَّرُ في العين غفر الله له)). وسائل الشيعة ج3 ص 511 ح6437.
وروى الشيخ الصدوق (قده) بسنده عن الإمام الصادق (ع) ، عن آبائه (ع) : ((أنّ رسول الله (ص) قال : من قمًّ مسجداً كتب الله له عِتقَ رقبة ، ومن أخرج منع ما يُقذي عيناً كتب الله عزوجل له كِفليْنِ من رحمته)). وسائل الشيعة ج3 ص 511 ح6438.
التطيب ولباس الثياب الفاخرة عند قصد المسجد والدعاء فيه ، ويدل عليه عموم مادل على إستحباب تعظيم الشعائر ، وروى ثقة الإسلام الكليني (قده) بسنده عن الإمام الصادق (ع) قال :
(( إنّ علي بن الحسين (ع) إستقبله مولى له في ليلة باردة وعليه جبة خز ، ومطرف خزّ وعمامة خزّ ، وهو متغلف بالغالية، فقال له : جُعلت فداك ، في مثل هذه الساعة على هذه الهيئة إلى أين ؟ قال : فقال : الى مسجد جدي رسول الله (ص) أخطب الحور العين إلى الله عز وجل)). الخز : نوع من الثياب الفاخر ، والمطرف : هو الرداء ، والغالية : نوع من الطيب ، المصدر : وسائل الشيعة ج3 ص 503 ح 6408.
تعدد الصلاة في بقاع المسجد المختلفة ، فقد روى الشيخ الصدوق بإسناده عن الإمام الصادق عليه الصلاة والسلام أنه قال :
(( عليكم بإتيان المساجد فإنها بيوت الله في الأرض ، ومن أتاها متطهراً طهرّه الله من ذنوبه وكُتِبَ من زُواره ، فأكثروا فيها من الصلاة والدعاء ، وصلّوا من المساجد في بقاع مختلفة ، فإن كل بقعة تشهد للمصلي عليها يوم القيامة)). الحدائق الناضرة ج7 ص 276.